Legrégebbi hagyománya a vízi közlekedésnek van. Már a XVI. századtól állandó összeköttetésben állt Szigligettel.
A reformkor Kisfaludy gőzöse rendszeresen fordult meg kikötőjében.
A menetrend szerinti hajóforgalom pedig a századfordulón indult el.
A húsvéttól az ősz közepéig tartó idényben elsősorban a szemközti Badacsony az utazók célja, de a Balaton többi kikötőjével is rendszeres összeköttetésben áll.

Védettsége miatt a területet már hosszú évezredek óta lakják az egymást követő népek. Az első írásbeli említés 1082-ből származik. Szent László királyunk latin nyelvű összeíró levelében Funoldi néven szerepel, a későbbi okiratok Fonoldként említik. A fon a régi magyar nyelvben erdőt jelentett, de egyes néveredet-kutatók a környék kender- és gyékényfonásából származtatják a településnév keletkezését. Az Árpád-korban Fonyód és környéke nagyrészt a pannonhalmi apátság birtokában volt.
1543 után, amikor a török Pécset és Székesfehérvárt is elfoglalta, a dunántúli nemesség nemcsak az udvarházakat, a kolostorokat, a templomokat erősítette meg, hanem sor került újabb, védett helyen lévő várak emelésére, a régiek megerősítésére is. A fonyódi várat közel negyven évig védte sikeresen Palonai Magyar Bálint, melyet csak halála után, 1575 augusztusában foglaltak el a hódítók. A török kiűzése után a terület betelepítése itt is megtörténik. A jellegzetes uradalmi puszta lakói cselédek, halászok, révészek voltak.
Az 1840-es években elkezdődő természetátalakító munkálatok sok embernek adtak megélhetési lehetőséget. Elkészült a kikötő, folytak az erdőirtási, lecsapolási munkák. Sokan foglalkoztak halászattal és szőlőtermesztéssel. A felvirágzás a filoxéra megjelenéséig tartott. 1884-től pár esztendő alatt az addig virágzó szőlőskertek gazdái a járvány révén mind tönkrementek. Az itt maradtak azonban szívós munkával a part menti homokos területekre új, Amerikából származó, ellenálló fajtákat telepítettek, és kidolgozták az újfajta gazdálkodási mód alapjait.

Szaplonczay Manó megyei tisztifőorvos egyik vadászata után vette rá barátját, a földbirtokos Zichy Bélát, hogy birtokának egy részét parcellázza fel a leendő nyaralók számára. Így alakult ki a tulajdonosról elnevezett Bélatelep, majd pár évvel később, egy másik részen a Sándortelep, melynek névadója Berzsenyi Sándor főorvos, az üdülőtelep alapítója volt. Fonyódon a fővárosi üdülőtulajdonosok is megjelentek, így az első világháborúig folyamatosan folytak a nagyszabású építkezések.
A második világháború idején Dél-Erdélyből, Lengyelországból érkeztek menekültek. 1944-ben Fonyódon 606 fővárosi gyermek talált menedéket.
A háború után nehezen indult a fürdőélet. Meleg víz után kutatva találták meg az utóvulkanizmus eredményeként létrejött szénsavas vizet, melyet 1960 óta palackoznak.

A töretlen fejlődés eredményeként 1989-ben kapta meg a városi rangot.
Egyre színesebb és tartalmasabb kulturális életével az itt élők és az itt nyaralók számára teszik vonzóvá a szabadidő színvonalas eltöltését.
A szűkös fürdőidényen túl is sok rendezvény várja a vendégeket.